В XV веке, экипаж инопланетного исследовательского корабля становится свидетелем битвы при Азенкуре. Ужаснувшись дикостью землян, галактические расы решают пресечь попытки людей выйти в космос. Через несколько столетий, воинственная раса шонгайри получает разрешение на колонизацию Земли с намёком на то, что неплохо бы этих обезьянок приструнить. Прибыв в Солнечную систему в 2010-м году, шонгайри неприятно удивлены присутствием ядерной цивилизации, хотя ожидали увидеть мушкетёров и конницу. Несмотря на это, превосходство шонгайри в космосе неоспоримо, а значит вторжение начинается.

Сокрушительные удары из космоса уничтожают мировые столицы и военные базы, а ультиматум пришельцев требует безоговорочной капитуляции. Но разрозненному человечеству больше некому приказывать сложить оружие, и кровожадного врага ожидает большой сюрприз.

Капитан Морган Бейтсон и экипаж патрульного корабля «Бозмен» принимает неравный бой с клингонским тяжёлым крейсером Козары — давнего врага Бейтсона — чтобы не позволить клингонам уничтожить ключевую космическую станцию. Чтобы скрыться от врага, «Бозмен» прячется в какой-то странной туманности — и внезапно оказывается в XIV в. лицом к лицу с «Энтерпрайзом-D». Теперь экипажу приходится смириться с тем, что они навсегда застряли в будущем.

Спустя некоторое время, Бейтсон курирует строительство «Энтерпрайза-E» и намеревается стать его первым капитаном. Вот только его давний враг не дремлет и намерен поквитаться с Бейтсоном за сокрушительное поражение и унижение, а заодно и захватить новейший флагман ненавистной Федерации.

Мартина и Филипа приглашают на съезд представителей путешественников во времени в Атлантиде, огромном городе, возвышающемся над морем в древней Греции. Атлантида — прибежище для путешественниц во времени, так как участь женщины с магическими способностями в любой другой эпохе далеко незавидная. Городом заправляют колдуньи, он сделан из единого алмаза и является чудом античного мира. Жители города перемещаются на летающих платформах и имеют все мнимые удобства. Мартин же намерен попытаться возобновить отношения с Гвен, которая переехала в Антантиду после событий первой части.

Тем временем, над волшебниками средневековой Англии нависает новая (или же старая?) угроза.

Во время просмотра любимых кинофильмов Филипа в его «берлоге», он неожиданно исчезает, вместе с Тайлером, Джимми и Гэри. Пока их друзья пытаются понять что произошло, эта четвёрка обнаруживает себя в мире созданном изгнанным волшебником-недоучкой по-имени Тодд, которому удалось сбежать из тюрьмы. Тодд намерен поквитаться с теми, кто его изгнал, и делает их главными персонажами своей компьютерной игры. Эта игра полна опасностей, а у нашей четвёрки пропадают их магические способности (включая неуязвимость).

За ними по пятам следуют Мартин, Рой, Гвен и Брит-младшая, надеясь спасти своих друзей.

Чтобы Вы делали, если бы узнали, что мир — не более чем сложная компьютерная программа? Более того, Вы можете изменять саму реальность отредактировав текстовый файл в Интернете. Американский хакер по-имени Мартин Бэнкс обнаруживает этот файл и случайным образом узнаёт, что он собой представляет. Однако, его попытки поиграться с реальностью приходят к тому, что его начинают преследовать власти. В момент отчаяния, он совершает побег в средневековую Англию, решив использовать свои знания чтобы притворяться волшебником. К его удивлению, он — далеко не первый. Так начинаются весёлые приключения Мартина и его друзей-волшебников в прошлом.

Тома Штейна — букинг-агента из Лос-Анджелеса, только что заключившего крупную сделку для популярной голливудской актрисы в 12,5 млн. долларов, вызывает шеф, чтобы поздравить и попросить его взять ещё одного клиента. Этим клиентом оказывается разумная желатиновая масса по имени Джошуа, пахнущая как вонючая рыба. Джошуа является представителем высокоразвитой расы пришельцев «ихержаки». Ихержаки — мирные и дружелюбные, однако, по прибытию на орбиту Земли, они начали принимать наши сигналы и поняли, что для людей представители их расы будут выглядеть как отвратительные чудовища. Задача Тома — сделать для Джошуа новый имидж, чтобы люди смогли принять его и всю его расу. Но всё это надо делать в тайне, а для этого Тому придётся немного пожить с девятнадцатьюлитровой мутной массой с отвратительным запахом, которой скучно сидеть взаперти.

Капитан Джон Гири по кличке Чёрный Джек участвовал в своём первом и единственном космическом сражении в самом начале противостояния Альянса и Синдиката. Хотя это сражение он проиграл, ему удалось удержать врага и позволить торговому каравану уйти. Сам Гири лёг в анабиозную капсулу. Проспал он целое столетие. Всё это время в Галактике гремела война, унося с собой миллиарды жизней. Капсулу Гири случайно обнаруживает флот Альянса на пути к центральному миру Синдиката, надеясь завершить долгую войну внезапным ударом. Однако весь план Альянса был подстроен директорами Синдиката, и флот Альянса оказывается в западне.

Верховное командование флота безжалостно расстреляно солдатами Синдиката. Единственная надежда Альянса — человек, только что проснувшийся из низкотемпературного сна, но о котором ходят легенды. Гири не рад узнать, что за его отсутствие власти Альянса воспользовались его подвигом и создали из него легендарную личность, чтобы побуждать солдат на подвиги. К его ужасу, огромные потери в войне привели к тому, что искусство командования флотом стало забытой наукой. Каждый капитан корабля ведёт своё судно в бой сам по себе и рассчитывает на «силу духа», чтобы победить, что, естественно, приводит к ещё более крупным потерям. К счастью, то же самое касается и врага. Гири является единственным, кто знает, как управлять целым флотом и как использовать тактику, чтобы победить врага, превосходящего численностью.

Путь через гиперврата отрезан, так что единственный путь для Затерянного флота — короткие прыжки через подпространство, а до систем Альянса очень далеко. Гири знает, что войска Синдиката будут преследовать их по пятам, но солдаты Альянса чувствуют, что великие Предки их не забыли, послав им в нужный час великого Чёрного Джека. Для Гири же самой большой трудностью будет оставаться самим собой, не предаваться соблазну стать этим легендарным Чёрным Джеком, отлично понимая, что Чёрный Джек погубит всех.